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公司在上海崇明、金山及湖北武漢均建有育種基地，核心種豬群規模達 6000 頭。2011年和2013年分別從加拿大托佩克國際有限公司、法國 NUCLEUS S.A.S 引進(jìn)優(yōu)質(zhì)大白、長(cháng)白原種豬群，在上海崇明島建立了新農首個(gè)原種豬場(chǎng)。2018年引進(jìn) CG 杜洛克原種豬群，建立金山育種基地。2020年在建成投產(chǎn)武漢新洲育種基地，引入丹系大白與長(cháng)白原種豬，組建丹系種豬核心育種群，豬群規模達 2000 頭。2021年引入上海本土品種楓涇豬，并獲得上海市科技興農項目立項支持，進(jìn)行楓涇豬保種及優(yōu)質(zhì)豬肉新品種培育等相關(guān)工作。

公司董事長(cháng)楊瑞生先生十分重視育種工作，自2011年起將育種能力定位公司三大核心能力之一。在育種方面與中國農業(yè)科學(xué)院北京畜牧獸醫研究所建立長(cháng)期產(chǎn)學(xué)研合作，在常規選育基礎上，增加健仔數進(jìn)行選育，并持續獲得每年 0.1 -  0.2 頭健仔數提升的進(jìn)展。

在疾病凈化、飼料營(yíng)養等方面先后與華中農業(yè)大學(xué)、農科院上海獸醫研究所、上海市農科院等院校建立長(cháng)期合作，先后獲得動(dòng)物疫病凈化創(chuàng )建場(chǎng)、“無(wú)疫小區”等稱(chēng)號。

在育種技術(shù)方面，除了采用傳統的常規育種技術(shù)，2017年加入國家全基因組選擇技術(shù)單位，2018年開(kāi)始對大白、長(cháng)白和杜洛克全面采用基因組選育技術(shù)，建立了全性狀基因組選擇參考群 3856 頭，并且自主開(kāi)發(fā)了基因 SSGBLUP 的基因組指數自動(dòng)計算平臺，根據芯片結果定期更新基因組指數。

 在育種硬件與軟件方面，公司配備了先進(jìn)的種豬測定設備，擁有背膘測定儀器，奧斯本籠秤、全自動(dòng)測定設備等，并先后采用了 Herdsman 育種軟件、KFNets 育種軟件結合公司自主研發(fā)的新農+數據管理平臺、基因組指數自動(dòng)計算平臺等，為育種工作順利進(jìn)行提供保障。